Действие разворачивается в 2065–2070 годах. В центре сюжета — агент ЦРУ (Солдат №25954), который после тяжёлого ранения получает кибернетические импланты и прямой нейронный интерфейс (ПНИ). Спустя пять лет он вместе с напарником расследует инцидент в секретной тюрьме в Сингапуре. Выясняется, что командир отряда кибернетически улучшенных солдат Джон Тейлор и его люди предали ЦРУ. По ходу сюжета герой сталкивается с ИИ «Корвус», который оказывается случайным продуктом экспериментов. В финале раскрывается, что сам Игрок умер во время операции, а его сознание было помещено «Корвусом» в ПНИ Тейлора с симуляцией погони.