Действие происходит за пять лет до начала событий Half-Life 2. Главная героиня — Аликс Вэнс, дочь учёного Илая Вэнса. Вместе с отцом и инженером Расселом она возглавляет зарождающееся сопротивление против инопланетной цивилизации «Альянс», которая захватила Землю после Семичасовой войны.